Fakultas Ekonomi merupakan salah satu Fakultas di Unesa yang terletak di Unesa Ketintang. Fakultas Ekonomi Unesa berdiri sejak tahun 2006. Pada awalnya, sejak tahun 1964 fakultas ini tergabung dalam Fakultas Keguruan Ilmu Sosial (FKIS) yang kemudian diberi nama IKIP atau Lembaga Pendidikan Guru Surabaya. Namun pada tahun 1977 melalui SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI No.042/O/1977 nama FKIS diubah menjadi FPIPS (Fakultas Pendidikan Ilmu Pengetahuan Sosial). Berdasarkan Keputusan Presiden Nomor 93 Tahun 1999, IKIP Surabaya berubah menjadi Universitas Negeri Surabaya dan nama FPIPS diubah menjadi Fakultas Ilmu Sosial (FIS). Pada tahun 2006, melalui surat yang dikeluarkan oleh Dirjen Dikti Nomor 761/D/T/2006 tentang Pembukaan Fakultas Ekonomi Unesa tanggal 16 Februari 2006 dan Surat Keputusan Rektor Unesa No.050/J37/HK .01.23 / PP.03.02 / 2006 tentang Pemisahan Jurusan Pendidikan Ekonomi dan Program Studinya dari Fakultas Ilmu Sosial dan Pembukaan Fakultas Ekonomi pada tanggal 16 Maret 2006, Fakultas Ekonomi dipisahkan dari Fakultas Ekonomi Ilmu Sosial. Hingga saat ini, Fakultas Ekonomi memiliki 9 Program Studi, termasuk S1. Pendidikan Ekonomi, S1. Pendidikan Akuntansi, S1. Administrasi Niaga, S1. Administrasi Perkantoran, S1 Manajemen, D3 Akuntansi, S1 Akuntansi, S1 Ekonomi dan S1 Ekonomi Islam.

Pada tahun 2009 mengembangkan prodi D-3 Akuntansi menjadi Jurusan Akuntansi yang di dalamnya terdiri dari prodi D-3 Akuntansi dan S-1 Akuntansi. Untuk prodi D3 Akuntansi dengan nomor SK pendirian progam studi 942/DT/2003 tertanggal 7 Mei 2003 tertanggal 14 Januari 2008 dan peringkat akreditasi terakhir B dengan nomor SK BAN-PT 028/BAN-PT/Ak-X/Dpl-III/I/2011. Sedangkan untuk prodi S1 Akuntansi dengan nomor SK pendirian progam studi 2077/DT/2008 tertanggal 7 Juli 2008 dan nomor SK izin operasional 942/D/T/2008 tertanggal 14 Januari 2008. Peringkat akreditasi S1-Akuntansi adalah B dengan nomor SK BAN-PT 242/SK/BAN-PT/Ak-XVI/S/XII/2013. Peringkat tersebut kemudian berubah dengan adanya SK BAN-PT 3690/SK/BAN-PT/Akred/S/X/2017, tanggal 10 Oktober 2017, yang menunjukan peringkat akreditasi A.